おおお、貴重な情報、どうもありがとうございました！
やはり、Eclipse 側が過敏に反応しているんですね。。
Eclipse 3.5 ではなおりそうということで、3.4 にもそのへんバックポートすればなおせそうですね。

結構な間悩んでいましたが、おかげさまですっきり解決できました。
重ねましてありがとうございました！

この現象をJustsystemのサポートに問い合わせたところ、

「Eclipse のエディタが Input Method の未確定文字列を
　独自に制御しているのが一因と考えられます。
　文字入力可能領域が作成されたときに行うATOKの初期化処理
　(通常のアプリケーションではこの処理に何もリアクション
　しないのが普通です)
　を Eclipse のエディタが過剰に処理している可能性が
　ございます。」

なんだそうです。

おぉぉ、そうなんですね！！　情報ありがとうございます。
Eclipse 側の不具合だったのですかね。。

解決しそうでうれしいです。