タイトルの通りなのですが、Linux 版 Eclipse 3.4 以降でファイルを開いた瞬間に更新扱いになる場合があります。 これはどうも ATOK + Eclipse 3.4 を使っている場合に起きるらしいという有力情報をいただきました。
そこで ATOK ではなく SCIM にしてみたところ正しく動作させることができました!、うれし～。 
Eclipse 3.4 GANYMEDE くん。 ATOK 使っているときに、ファイルを開くと問答無用で、
こうですね。
*newfile.php ということで、米印。 コメ印。 開いただけで書き換えたことになってしまいます。。 3.3 ではこれはおきないため、仕方なく 3.3 （PDT 1.0) を使っていました･･･。
Eclipseの件はATOKと組み合わせたときにおきるみたい。Anthyだと平気だもんね。
なんてことを書いていたら、.another の通りすがりさんから有力情報。 非常に助かりました。
[tegaki]というわけで[/tegaki]
ATOK を使っているときは、Eclipse 3.4 起動時だけ SCIM-Anthy にしちゃいます。 プログラム書くときはそんなに日本語入力しないので、ぜんぜんOKです。
GTK_IM_MODULE=scim /opt/eclipse/eclipse-pdt-1.0/eclise
てなわけで、起動を上のようにします。
Eclipse を起動するときに GTK_IM_MODULE 環境変数で scim を指定してあげれば Eclipse だけ scim になってくれます。 かしこい。
ATOK というか付属の iiimf が悪いような気もしなくもなく、あと 3.3 でおきてなかったのも謎ですが、とりあえず何はなくともこれで 3.4 つかえて良かったです。 日本語特有なので、どおりで検索しても不具合が出てこないはずです。。
同様の不具合で困っているか違いましたらお試しください。
Galileo RC2 だと直ってるみたい。
どもです、どもです。
おぉぉ、そうなんですね！！ 情報ありがとうございます。
Eclipse 側の不具合だったのですかね。。
解決しそうでうれしいです。
初めまして。
この現象をJustsystemのサポートに問い合わせたところ、
「Eclipse のエディタが Input Method の未確定文字列を
独自に制御しているのが一因と考えられます。
文字入力可能領域が作成されたときに行うATOKの初期化処理
(通常のアプリケーションではこの処理に何もリアクション
しないのが普通です)
を Eclipse のエディタが過剰に処理している可能性が
ございます。」
なんだそうです。
こんにちは、はじめまして！
おおお、貴重な情報、どうもありがとうございました！
やはり、Eclipse 側が過敏に反応しているんですね。。
Eclipse 3.5 ではなおりそうということで、3.4 にもそのへんバックポートすればなおせそうですね。
結構な間悩んでいましたが、おかげさまですっきり解決できました。
重ねましてありがとうございました！